Film ukazuje XVIII-wieczny konflikt pomiędzy jezuitami, a świecką władzą Hiszpanów i Portugalczyków w Ameryce Południowej.
Młody jezuita, brat Gabriel podejmuje się misji budowy świątyni w głębokiej dżungli. Szerzy religię wśród brazylijskich Indian Guarani. Wyrusza w niedostępne tereny. Wkrótce udaje mu się zdobyć zaufanie tubylców i pozyskać ich dla idei chrystianizmu. Niezwykle trudną, pełną wyrzeczeń i niebezpieczeństw misję, zakłóca pojawienie się oskarżonego o bratobójstwo łowcy Indian, kapitana Mendozy.
Brat Gabriel nakłania przestępcę do ciężkiej pokuty za popełnione czyny. Pod opieką zakonnika Mendoza przechodzi duchową rehabilitację.
Jednak wkrótce na skutek traktatu Hiszpanie sprzedają tereny, na których leży misja Portugalczykom. Indianie będa musieli zostac ich niewolnikami, brat Gabriel postanawia bronić ich do końca...
