„To fabularyzowana wersja wydarzeń historycznych, która dokładnie odtwarza wszystkie zdarzenia i okoliczności. Ale dzięki temu, iż twórcy filmu nie muszą wiernie oddawać najdrobniejszych szczegółów, mogli w skuteczny sposób uchwycić najistotniejsze prawdy dotyczące tych niezwykłych dla wywiadu, kontrwywiadu, szpiegostwa i zdrady czasów Zimnej wojny. Nie można zrozumieć współczesności, bez zrozumienia tamtych początków. O nich właśnie opowiada „Dobry agent”. – Richard C.A. Holbrooke, ambassador USA w ONZ w latach 1999-2001

Od wczesnych lat 90. Robert De Niro zbierał materiały do filmu, który miał być kolejnym obrazem reżyserowanym przez niego po „Prawie Bronxu” (1993). „Bob zawsze interesował się polityką zagraniczną i sposobami działania wywiadu” – wspomina Jane Rosenthal, wspólniczka De Niro z ich niezależnej wytwórni filmowej Tribeca Films. Przyjaciel znający zainteresowanie De Niro historią CIA, przedstawił mu Milta Beardena, emerytowanego weterana wywiadu, mającego za sobą 30 lat pracy w tej agencji. Bearden wprowadził De Niro w tajniki pracy wywiadowczej i sekrety działalności CIA w różnych regionach świata. Jako autor wielu książek o CIA, wyjaśnia, jak może ujawniać szczegóły amerykańskich operacji wywiadowczych: „Kieruję się zasadą; nikogo nie skrzywdzić, nikogo nie postawić w stanie zagrożenia i nikomu nie utrudnić pracy, jeśli jest jeszcze aktywny”.

Robert De Niro został wtajemniczony w informacje, do których dostęp mają tylko nieliczni. „Bob ma w tej chwili większą wiedzę na temat ludzi w CIA z mojego pokolenia i pokolenia poprzedzającego, niż ktokolwiek inny spoza Firmy” – mówi Bearden.

Po latach De Niro otrzymał scenariusz „Dobrego agenta”, opowiadający o wczesnych latach CIA, napisany przez laureata Oscara Erica Rotha, w którym miał zagrać jedną z głównych ról. Aktor zgodził się natychmiast, nie tylko na zagranie tej roli, ale podjął się również reżyserii. Roth zainteresowany był wcześniejszym okresem CIA niż ten, który badał De Niro: „Fascynowało mnie powstanie Agencji, która została założona przez 17 osób, a dzisiaj liczy sobie 29 tysięcy ludzi”. Opierając historię na kluczowych momentach: od początków OSS (Biura Służb Strategicznych) w czasie II wojny światowej, kończąc na spektakularnej porażce w Zatoce Świń w 1961r. – Roth bazował na życiorysach faktycznych twórców amerykańskich służb wywiadowczych: „Zbierałem materiały dotyczące ludzi, którzy tworzyli pierwsze struktury CIA, badałem skąd pochodzili. Tradycyjnym miejscem rekrutacji był uniwersytet Yale i funkcjonujące w nim tajne bractwo Czaszka i Kości. Do pracy w pierwszych amerykańskich służbach wywiadowczych wybierano tylko dobrze urodzonych białych absolwentów elitarnych uniwersytetów Ivy League (Ligi Bluszczowej), uznawanych za najlepszy i najbłyskotliwszy narybek Stanów Zjednoczonych. Niektórzy z nich byli dzielnymi idealistami, którzy traktowali CIA jak pracę w administracji państwowej” – tłumaczy Roth.