Sydney wchodzi w skład tajnej jednostki CIA, którą kieruje... Arvin Sloane. Nowa grupa nazywa się APO, co oznacza authorized personnel only (tylko autoryzowany personel), a jej członków powołał i wybrał sam Sloane. Są wśród nich Jack, Vaughn, Dixon, Marshall i najlepszy przyjaciel Vaughna – Eric Weissm oraz córka Sloanea i (UWAGA!) przyrodnia siostra Syd - Nadia Santos.
Arvin Cloane natomiast (czarny charakter wyglądający jak Sloane) kompletuje technologie, która ma urzeczywistnić przepowiedzianą przez Rambaldiego apokalipsę...
Sezon kończy się wypadkiem samochodowym poprzedzonym niesamowitym wyznaniem Vaughna: “Nie nazywam się Michael Vaughn”...
Na jaw wychodzi prawda dotycząca ostatnich niecnych działań Eleny Derevko, która znajdowała się tuż pod nosem agentów. Szpiedzy koncentrują wszystkie siły by nie dopuścić do zebrania przez nią wszystkich elementów wynalazku Rambaldiego.
By pozyskać Hydrosek szpiedzy podążają za będącym pod aliasem Dixonem. Zaufany człowiek w agencji dokonuje perfidnej zdrady, a popromienna choroba Jacka wywołuje u niego konwulsje i halucynacje.
oficjalnym patronem filmu na DVD 
