Gorszy od poprzednich części
W odróżnieniu od poprzednich części "Pana Kleksa" scenariusz autorstwa Krzysztofa Gradowskiego, odpowiedzialnego również za reżyserię i dialogi, nie powstał na kanwie książek Jana Brzechwy.
Niestety, produkcję z 1988 r. z twórczością słynnego bajkopisarza łączy jedynie postać tytułowego profesora, co Gradowskiemu do dzisiaj zarzucają fani papierowego oryginału.
Sam scenariusz "Pana Kleksa w kosmosie" sprawia wrażenie napisanego naprędce, jakby autor wyszedł z założenia, że film dla dzieci nie musi stanowić logicznej całości.
Nie lepiej prezentują się młodzi aktorzy (poza naprawdę nielicznymi wyjątkami) oraz znak rozpoznawczy serii – piosenki, które dramatycznie odstają od tych z poprzednich części.