Steve’owi Martinowi. W latach 90. Daryl Hannah występowała głównie w komediach, między innymi w „Crazy People” (1990) z Dudleyem Moorem, w „Dwóch zgryźliwych tetrykach” (1993) i jego sequelu, „Jeszcze bardziej zgryźliwych tetrykach” (1995), jako córka Jacka Lemmona, Melanie.
Pod koniec lat 90. Daryl Hannah coraz częściej pojawiała się w filmach niezależnych. Między innymi, zagrała tytułową “prawdziwą” blondynkę w ironicznym filmie Toma DiCillo „Blondynka” (1997), ponadto w „Hi-Life” i „Wildflowers”. . Rola Hannah w kinie niezależnym nie ogranicza się tylko do aktorstwa: na międzynarodowym festiwalu filmowym w Berlinie przyznano Daryl Hannah nagrodę Jury za najlepszy film krótkometrażowy 1994 roku, „The Last Supper”, którego była reżyserką, scenarzystką i producentką