Masaki Kobayashi urodził się 14 lutego 1916 roku w Otaru w Japonii. Był absolwentem wydziału filozofii Uniwersytetu Waseda. Od 1941 roku pracował jako asystent reżysera w wytwórni Shochiku. Będąc pacyfistą Kobayashi podczas II wojny światowej został powołany do służby w Cesarskiej Armii Japońskiej, jednakże odmówił udziału w walce oraz awansowaniu go na wyższy stopień niż szeregowy. W 1942 roku został mimo to zmobilizowany i wysłany na front w Mandżurii.
Po rocznym pobycie w niewoli wrócił do Japonii i rozpoczął pracę jako asystent reżysera Keisuke Kinoshity. Pisał również scenariusze do jego filmów. Jako reżyser zadebiutował filmem “Młodość mojego syna” (1952).
Twórczość Kobayashiego jest zróżnicowana, jednak najbardziej znany stał się przede wszystkim za sprawą filmów samurajskich. W 1962 roku wyreżyserował „Harakiri” – opowieść o samuraju chcącym popełnić seppuku. Film ostro krytykował feudalny system wartości. „Harakiri” otrzymało Specjalną Nagrodą Jury na Festiwalu w Cannes, co zapewniło Kobayashiemu miejsce w historii kina. Kolejnym, ważnym filmem w dorobku reżysera jest inna samurajska produkcja, „Bunt” z 1967 roku.Oba filmy uważane są obecnie za jedne z najwybitniejszych arcydzieł japońskiej kinematografii.
Kobayashi nie tylko tworzył filmy o samurajach. Filmem o innej tematyce jest „Kwaidan, czyli opowieści niesamowite” – zbiór opowieści o duchach, tzw. kaidanów, powstały na podstawie książki Lafcadia Hearna pod tym samym tytułem. Twórca wyreżyserował również trwającą łącznie ponad dziewięć godzin trylogię „Dola człowiecza” (1958-1961), opowiadającą o okrucieństwach wojny. Miał także współreżyserować słynny film „Tora! Tora! Tora!” (1970), jednak zamiast niego wybrano Kinjiego Fukasaku i Toshia Masudę.
Masaki Kobayashi zmarł 4 października 1996 roku w Tokio w Japonii, w wieku 80 lat.
