X-Men są następnym ogniwem ewolucji. Każde z nich przyszło na świat w wyniku niepowtarzalnej mutacji genetycznej, a los obdarzył ich niezwykłymi mocami. Otacza ich powszechna nienawiść i uprzedzenia. Społeczeństwo nie chce zaakceptować ich odmienności, boi się ich i skazuje na życie w odosobnieniu. Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, gdzie ”mutanci” uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości - ludzkości, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia.
W ”X-Men 2” zaostrza się konflikt między Xavierem i Magneto zarysowany w pierwszym filmie. Podczas gdy Xavier wierzy w pokojowe współistnienie ludzi i mutantów, Magneto wyznaje tezę o supremacji tych ostatnich.
Jeden z mutantów podejrzewany jest o próbę zamachu na życie prezydenta USA. Mutanci muszą połączyć swoje siły, aby znaleźć tych, którzy w rzeczywistości stali za zamachem oraz obronić swoją Akademię obleganą przez wojsko.
