Marty daje się ponieść swej ciekawości i przy pomocy pingwinów ucieka z ogrodu zoologicznego, aby poznać nieznany dotąd świat wolności. Zamierza powrócić przed następnym rankiem. W środku nocy Alex, Melman i Gloria zauważają zniknięcie przyjaciela i postanawiają wymknąć się z zoo i sprowadzić Marty’ego z powrotem do domu, zanim ktokolwiek zauważy ich zniknięcie.
Nawet w Nowym Jorku lew, żyrafa i hipopotamica spacerujący po ulicach i poruszający się metrem wywołują sensację. Alexowi, Melmanowi i Glorii udaje się odnaleźć Marty’ego w stacji Grand Central, ale nie udaje im się złapać kolejki do zoo. Zamiast tego zostają schwytani i wysłani statkiem do Afryki.
Kiedy pingwinom udaje się dokonać sabotażu statku, Alex, Melman i Gloria docierają na egzotyczną wyspę Madagaskar. Dopiero teraz urodzeni nowojorczycy muszą nauczyć się przetrwania w dżungli i odkrywają prawdziwy sens słów “to właśnie jest prawdziwa dżungla”.
