Do roku 1989 aktor był przez cztery lata mężem Madonny, a później przez 13 lat małżonkiem Robin Wright, z którą ma dwójkę dzieci.
- To nie wstyd powiedzieć, że wszyscy chcemy być kochani - oznajmił Penn w wywiadzie dla magazynu "Esquire". - Kiedy patrzę wstecz na swoje małżeństwa, mam wrażenie, że tego w nich brakowało. Myślę, że moje żony tak naprawdę mnie nie kochały. Byłem jedyną osobą nieświadomą tego oszustwa. Kiedy się rozwodzisz i na wierzch wychodzi cała prawda, zaczynasz się zastanawiać: "Co ja sobie myślałem? Dlaczego wierzyłem, że ta kobieta naprawdę była mi oddana?". To ogromne upokorzenie, które może uczynić człowieka zgorzkniałym cynikiem, ale na mnie podziałało jak zimny, orzeźwiający prysznic.
Seana Penna mogliśmy podziwiać ostatnio w filmie "Wszystkie odloty Cheyenne'a".