Chodorkowski wielokrotnie krytykowa艂 polityk臋 W艂adimira Putina. 25 pa藕dziernika 2003 roku zosta艂 oskar偶ony o nieprawid艂owo艣ci przy prywatyzacji przedsi臋biorstw, a nast臋pnie aresztowany. Z uwagi na areszt, zrezygnowa艂 z funkcji szefa Jukosu. W maju 2005 moskiewski s膮d skaza艂 Chodorkowskiego na 9 lat pozbawienia wolno艣ci, a we wrze艣niu 2005 roku S膮d Miejski w Moskwie obni偶y艂 kar臋 do 8 lat. Zes艂any pocz膮tkowo na Syberi臋, do Krasnokamie艅ska, 19 stycznia 2009 roku zosta艂 przeniesiony do aresztu 艣ledczego w Moskwie, gdzie oczekiwa艂 na kolejny proces.