Zbrodniczy fundamentalizm
Teraźniejszości, w której religia wciąż jeszcze plącze się z polityką i w tej toksycznej reakcji rodzi zbrodniczy fundamentalizm. "Agorę" łatwo okleić szkodliwymi sloganami, sprowadzając jej wymowę do ślepego negowania idei wiary. Amenabar nawołuje co prawda do korzystania z siły rozumu, ale niekoniecznie w kontekście religii samej w sobie. Filozofia Hypatii to przecież przykład osiągnięcia harmonii absolutnej, tolerancji względem poglądów sprzecznych z własnymi, a nawet próby ich zrozumienia.Jeśli przeszczepić ją na grunt współczesny, "Agora" nie tyle opowiada o niechlubnych korzeniach chrześcijaństwa, co o bezsilnej umysłowej wyższości nad władzą, której niechęć wobec autonomii jednostki wpisana jest w każdą bez wyjątku społeczność.